Eso es por la paleta, te explico:
Al meter los sprites al sff, todos los sprites deben tener un paleta aplicada al estar indexados, y esa paleta tiene un color que corresponde a la transferencia.
Por lo que veo los spirtes de Black tienen una paleta aplicada la cual su color de transparencia se aplicó en el pelo.
Esta es una paleta en mugen
Como ves el último color (el verde) esta ubicado a lo último de la paleta, esa es la posición donde se coloca siempre al color al que se le designa la transparencia.
Entonces, quiere decir que tu paleta tiene ese casillero con el color negro (casualmente el mismo que el del pelo de black) y aplicar esa paleta con transparencia negra en black, le aplica el color de la transparencia a su cabello.
Solución:
Cambiar el color de la transparencia de la paleta que usas a un color que no aparezca en tus sprites, como ese verde de la imagen y volver a aplicársela a cada sprite.
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