Que no se achique el cursor es normal, ya que el cursor es un sprite en el sff.
Si usas el Win Mugen Plus, lo que debes hacer es abrir el sff con el MCM (Mugen Character Maker) o el FF (Fighter Factory) y buscar los grupos 160, 161, 170, 171 y guardar las imágenes. Posteriormente, las reduces con cualquier programa fotográfico, ya sea photoshop, corel paint shop pro, infarview, etc. Por último, debes incorporarlas de nuevo, en su respectivo hueco (supongo que al guardarlas no deberían haber perdido la paleta de 256 colores).